Bản đồ chiến tranh Thanh-Dzungar.Tây Tạng bên trong lãnh thổ nhà Thanh vào năm 1820.

Năm 1720, Hoàng đế Khang Hy nhà Thanh đã phái quân tới hợp sức cùng các đội quân bản địa lãnh đạo bởi Polhané và Khangchenné đánh đuổi quân của Hãn quốc Dzungar đang chiếm đóng tại Tạng [39][40]. Họ đưa Kelzang Gyatso từ Kumbum tới Lhasa và sắp đặt cho ông trở thành Dalai Lama thứ 7 [41][42]. Nhà Thanh sau đó thiết lập các đồn trú tại Lhasa, lập nên tỉnh Tây Tạng, sáp nhập Amdo vào tỉnh Thanh Hải và một phần Kham vào tỉnh Tứ Xuyên [43]. Tới năm 1721, họ thiết lập một chính quyền mới tại Lhasa với hội đồng Kashag gồm ba Kalön (tương đương bộ trưởng) người Tạng, lãnh đạo bởi Khangchenné. Sự cai trị của các Dalai Lama bấy giờ chỉ còn mang tính biểu tượng, nhưng họ vẫn rất có ảnh hưởng nhờ lòng mộ đạo của người Tạng [44].

Sau khi Hoàng đế Ung Chính lên ngôi vào năm 1722, ông rút dần quân Thanh đồn trú khỏi Tây Tạng. Tuy nhiên vào năm 1727, các quý tộc Lhasa đã thông đồng với Dzungar giết chết Kangchenné, chiếm quyền kiểm soát Lhasa, còn Polhané phải chạy về quê nhà Ngari. Quân Thanh tới Lhasa vào tháng 9, đánh bại và chu di các phe phái chống đối. Dalai Lama bị chuyển tới tu viện Lý Đường tại Kham [45] trong khi Panchen Lama được đưa về Lhasa và trao quyền hành tại Tsang là Ngari, tạo ra sự phân chia lãnh thổ giữa hai vị Lama, một chính sách đặc trưng của Trung Hoa đối với Tây Tạng. Những năm 1730, triều đình nhà Thanh một lần nữa rút bớt quân đồn trú tại Tây Tạng. Nhân cơ hội đó, năm 1735, Polhané đưa Dalai Lama trở lại Lhasa. Nhà Thanh nhận thấy ông là một người trung nghĩa, thích hợp để ổn định Tây Tạng, nên Polhané tiếp tục cầm quyền cho đến khi qua đời vào năm 1747 [46].

Dalai Lama thứ 9 được bổ nhiệm dưới sự chứng kiến của các Trú Tráp Đại Thần khoảng năm 1808.

Triều đình nhà Thanh phái một số thành viên Hoàng tộc tới Lhasa, gọi là các Trú Tráp Đại Thần (Amban trong tiếng Mãn). Sau khi Polhané qua đời, con trai ông là Gyurme Namgyal kế vị. Các Đại Thần tin rằng Gyurme Namgyal muốn tạo phản nên đã giết ông. Sự việc bại lộ dẫn đến một cuộc bạo loạn nổ ra tại Lhasa vào năm 1750, các Đại Thần bị giết chết, Dalai Lama đã phải đứng ra khôi phục trật tự. Hoàng đế Càn Long phái quân tới trừng phạt gia đình Gyurme Namgyal và bảy người khác có liên đới tới cái chết của các Đại Thần. Sau đó ông tái thiết lập hội đồng Kashag và khôi phục quyền lực cho các Dalai Lama, tuy nhiên trên thực tế quyền hành dần được chuyển qua cho các Đại Thần mới [47].

Sau thất bại của quân đội Tây Tạng tại chiến dịch xâm chiếm Nepal năm 1971, triều đình nhà Thanh đã gia tăng sự kiểm soát đối với Tây Tạng bằng cách tăng thêm quyền lực cho các Trú Tráp Đại Thần. Kể từ thời điểm đó, mọi vấn đề quan trọng đều phải trình báo với các Đại Thần [48]. Các Đại Thần quản lý các vấn đề chính trị, việc phòng thủ biên giới, các vấn đề ngoại giao, các quyết định tư pháp và quân đội đồn trú nhà Thanh cũng như quân đội Tây Tạng. Các Dalai và Panchen Lama không được trực tiếp kiến nghị với Hoàng đế nữa mà phải thông qua các Đại Thần. Giao thương bị giới hạn và sự di chuyển chỉ có thể được thực hiện với sự cho phép của các Đại Thần. Tuy nhiên, theo Warren Smith, những chỉ thị này hoặc không được thực hiện đầy đủ, hoặc nhanh chóng bị bãi bỏ, do nhà Thanh thiên về việc trở thành một biểu tượng thống trị hơn là trực tiếp quản trị tại Tây Tạng [49].

Vào giữa thế kỷ 19, cộng đồng những binh lính đồn trú Trung Hoa tại Tứ Xuyên kết hôn với phụ nữ Tây Tạng đã di chuyển tới khu vực Lubu tại Lhasa, con cháu của họ đã thành lập một cộng đồng riêng và hòa nhập vào văn hóa Tây Tạng [50]. Những binh lính người Hồi và con cháu định cư tại Hebalin, trong khi con cháu các binh lính người Hán sinh sống tại Lubu [51].

Sự can thiệp của người Anh (1903–1904)

Vào năm 1827, toàn bộ Assam, Bhutan, Sikkim và Ladakh đều thuộc về địa phận Tây Tạng, biên giới Trung-Tạng khi ấy là sông Dương Tử. Bhutan và Sikkim sau đó giành được độc lập nhưng Sikkim bị tấn công và sáp nhập vào Ấn Độ vào tháng 5 năm 1975. Cả Assam và Ladakh sau đó đều bị sáp nhập vào Ấn Độ thuộc Anh.

Vào đầu thế kỷ thứ 20, Đế quốc Anh và Đế quốc Nga tranh giành quyền lực tại khu vực Trung Á. Do không thể thiết lập được kênh ngoại giao với chính quyền Tây Tạng, cùng với đó là những báo cáo về các giao dịch giữa Tây Tạng và Nga, năm 1903-04, một đoàn viễn chinh Anh dẫn đầu bởi Trung tá Francis Younghusband đã được phái tới Lhasa để ép buộc một thỏa thuận thương mại và ngăn cản Tây Tạng thiết lập quan hệ với Nga. Đáp lại, nhà Thanh tuyên bố chủ quyền cai trị tại Tây Tạng, đây là lần đầu tiên phía Trung Hoa đưa ra một tuyên bố về vấn đề này [52]. Trước khi quân Anh tới Lhasa, Dalai Lama thứ 13 đã bỏ chạy tới Ngoại Mông, rồi tới Bắc Kinh vào năm 1908.

Dalai Lama thứ 13 vào năm 1910

Cuộc xâm lược của người Anh là một trong những lý do dẫn tới bạo loạn Tây Tạng năm 1905 tại tu viện Batang, các Lama bài ngoại đã tàn sát các giáo sĩ Pháp, các quan lại người Hán và Mãn Châu, cũng như những người đã cải đạo sang Cơ Đốc giáo trước khi bị nhà Thanh dẹp yên [53][54].

Sau khi Hiệp ước Lhasa giữa Anh và Tây Tạng được kí kết vào năm 1904, một hiệp ước khác giữa Anh và Trung Hoa diễn ra vào năm 1906. Bắc Kinh đồng ý trả cho London 2.5 triệu rupee mà Lhasa buộc phải chấp thuận trong hiệp ước trước đó [55]. Năm 1907, Anh và Nga đồng ý "thừa nhận chủ quyền của Trung Hoa tại Tây Tạng" [56], theo đó hai nước sẽ "không đàm phán với Tây Tạng trừ khi thông qua trung gian là chính phủ Trung Hoa" [56].

Triều đình nhà Thanh tại Bắc Kinh sau đó bổ nhiệm Triệu Nhĩ Phong làm "Tư lệnh quân đội Tây Tạng" nhằm tái hòa nhập Tây Tạng vào Trung Hoa vào năm 1905 (hoặc 1908) [57]. Quân đội của ông đã phá hủy nhiều tu viện tại Kham và Amdo [58][59], Dalai Lama một lần nữa phải bỏ trốn, lần này là tới Ấn Độ, và một lần nữa bị phía Trung Hoa phế truất [60]. Tình hình nhanh chóng thay đổi khi nhà Thanh sụp đổ vào tháng 10 năm 1911, binh lính làm phản và chém đầu Triệu Nhĩ Phong [61][62]. Tàn dư quân Thanh cũng rút khỏi Tây Tạng.